Putative spliced circRNA sequences
Homo sapiens hg19 assembly fasta
Mus musculus mm9 assembly fasta
Custom scripts for finding circRNAs
find_circ.tar.gz Scripts used in Memczak et al. (2013) .tar.gz
circBase ID cross-references
Homo sapiens .txt
Mus musculus .txt
C. elegans .txt
Database schema
Homo sapiens database schema graph for H.sapiens tables .png
circRNAs
Homo sapiens all Homo sapiens circRNAs .txt .xlsx .bed
Rybak-Wolf 2015      
cerebellum      
diencephalon      
frontal cortex      
occipital lobe      
parietal lobe      
temporal lobe      
SH-SY5Y D0 rep1      
SH-SY5Y D2 rep1      
SH-SY5Y D4 rep1      
SH-SY5Y D0 rep2      
SH-SY5Y D4 rep2      
SH-SY5Y D8 rep2      
Jeck 2013      
Hs68_control      
Hs68_RNase      
Memczak 2013      
CD19+      
CD34+      
HEK293      
Neutrophils      
Salzman 2013      
A549      
AG04450      
BJ      
GM12878      
H1-hESC      
HeLa S3      
HepG2      
HMEC      
HSMM      
HUVEC      
K562      
MCF-7      
NHEK      
NHLF      
SK-N-SH RA      
Zhang 2013      
H9      
Mus musculus all Mus musculus circRNAs .txt .xlsx .bed
Rybak-Wolf 2015      
cerebellum      
frontal cortex      
hippocampus      
olfactory bulb      
forebrain      
midbrain      
hindbrain      
P19 D0 rep1      
P19 D2 rep1      
P19 D4 rep1      
P19 D12 rep1      
P19 D0 rep2      
P19 D4 rep2      
P19 D12 rep2      
primary neurons D1      
primary neurons D7      
primary neurons D14      
primary neurons D21      
primary neurons D28      
synaptoneurosomes          
cytoplasm      
whole-brain lysate      
Memczak 2013      
brain1      
brain2      
ES      
head      
Caenorhabditis elegans all Caenorhabditis elegans circRNAs .txt .xlsx .bed
Memczak 2013      
1cell      
2cell      
fem1      
spe9      
sperm_act      
sperm      
Ivanov 2015      
Latimeria chalumnae all Latimeria chalumnae circRNAs .txt .xlsx .bed
Nitsche 2013      
muscle      
Latimeria menadoensis all Latimeria menadoensis circRNAs .txt .xlsx .bed
Nitsche 2013      
liver      
testis